Pada tahun 1934, perguruan-perguruan Kristen telah berhimpun dalam wadah Schoolraad voor Christelijke Scholen in Netherlandsch Indie. Setelah Kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia pada tanggal 5 Juni 1950, beberapa tokoh Dewan Gereja-Gereja di Indonesia (DGI) yang dalam perkembangannya menjadi Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia (PGI) antara lain: Dr. FL Baker, Ds. WJ Rumambi, Dr. JH Van Beyma, IP Simanjuntak, H. Van Hoek, B. Prawirohatmodjo, G. Van de Hoeven Van Genderen, Mr. JM Tumbelaka, P. Gilde, W . Hutajulu memandang penting untuk membentuk organisasi sebagai wadah berhimpunannya penyelenggara pendidikan Kristen di Indonesia yaitu Majelis Pusat Pendidikan Kristen di Indonesia (MPPK). Perkembangan selanjutnya oleh Kongres XIII MPPK tahun 2000 di Yogyakarta berubah menjadi MPK (Majelis Pendidikan Kristen di Indonesia). Kini MPK menjadi organisasi nasional yang mandiri dan bermitra dengan semua lembaga gerejawi di Indonesia.
Oleh pemrakarsanya, sejak awal MPK didesain untuk menggagas visi dan pemikiran-pemikiran strategi di bidang pendidikan Kristen di Indonesia sebagai upaya mengoptimalkan peran umat Kristen di bidang pendidikan. Dalam mengembang tugasnya, MPK menggalang Kerjasama/kemitraan dengan berbagi Lembaga/organisasi baik swasta maupun pemerintah.
MPK adalah salah satu organisasi yang turut memprakarsai pembentukan Musyawarah Perguruan Swasta (MPS) Pusat pada tanggal 8 November 1971 bersama-sama Perguruan Taman Siswa, Muhammadiyah, Katolik, LP Ma’arifNU dan lembaga lainnya. Dalam perkembangan berikutnya MPS diubah menjadi BMPS (Badan Musyawarah Perguruan Swasta).
Berdasarkan data 2021 jumlah anggota MPK sebanyak 383 yayasan/badan penyelenggara pendidikan Kristen di seluruh Indonesia dengan jumlah satuan pendidikan kurang lebih 6.000 (PAUD, SD, SMP, SMA dan SMK).
Dalam menjalankan pelayanan MPK membentuk MPKW di seluruh Indonesia, yaitu:
- MPKW Sumatera Utara & Nanggroe Aceh Darussalam
- MPKW Sumatera Bagian Selatan & Barat
- MPKW Kepulauan Riau
- MPKW Lampung
- MPKW Jakarta, Bogor, Depok, Bekasi, Banten
- MPKW Jawa Barat
- MPKW Jawa Tengah & DIY
- MPKW Jawa Timur
- MPKW Bali & Nusa Tenggara Barat
- MPKW Nusa Tenggara Timur
- MPKW Kalimantan Barat
- MPKW Kalimantan Timur & Kalimantan Utara
- MPKW Kalimantan Tengah
- MPKW Sulawesi Utara & Gorontalo
- MPKW Sulawesi Tengah
- MPKW Sulawesi Selatan, Sulawesi Barat, Sulawesi Tenggara
- MPKW Maluku
- MPKW Papua
- MPKW Maluku Utara
Dan beberapa Yayasan yang difungsikan sebagai MPKW, yaitu:
- YPK GKE Banjarmasin, Kalimantan Selatan
